antでjavadocコマンドを実行して、JavaDocを作成する方法です。 以下はbuild.xmlの抜粋です。

  <path id="sources">
    <pathelement path="hoge/src"/>
    <pathelement path="foo/src"/>
  </path>

  <target name="javadoc">
    <javadoc packagenames="*" sourcepathref="sources" destdir="javadoc-dir" encoding="UTF-8" charset="UTF-8">
  </target>

まず、Javaクラスが配置されているディレクトリをpath要素で指定しています。 ディレクトリは複数指定できます。 そして、path要素のidを、javadoc要素のsourcepathref属性で参照することで、JavaDocを作成できます。